| 1 | Δήμος Ηρακλείου | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 154.604 κάτ. | — |
| 2 | Δήμος Χανίων | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 88.865 κάτ. | — |
| 3 | Δήμος Ρεθύμνης | Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου | 45.098 κάτ. | 396,3 km² |
| 4 | Δήμος Αγίου Νικολάου | Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου | 25.570 κάτ. | 511,7 km² |
| 5 | Δήμος Μαλεβιζίου | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 25.271 κάτ. | — |
| 6 | Δήμος Ιεράπετρας | Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου | 24.237 κάτ. | — |
| 7 | Δήμος Φαιστού | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 23.622 κάτ. | 410,8 km² |
| 8 | Δήμος Χερσονήσου | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 22.036 κάτ. | — |
| 9 | Δήμος Σητείας | Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου | 20.220 κάτ. | — |
| 10 | Δήμος Αρχανών - Αστερουσίων | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 18.746 κάτ. | — |
| 11 | Δήμος Πλατανιά | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 18.708 κάτ. | — |
| 12 | Δήμος Μινώα Πεδιάδας | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 17.941 κάτ. | — |
| 13 | Δήμος Γόρτυνας | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 17.804 κάτ. | — |
| 14 | Δήμος Μυλοποτάμου | Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου | 15.254 κάτ. | — |
| 15 | Δήμος Αποκορώνου | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 14.697 κάτ. | 323,1 km² |
| 16 | Δήμος Κισσάμου | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 12.655 κάτ. | — |
| 17 | Δήμος Αγίου Βασιλείου | Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου | 9.721 κάτ. | — |
| 18 | Δήμος Αμαρίου | Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου | 6.764 κάτ. | — |
| 19 | Δήμος Καντάνου - Σελίνου | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 6.074 κάτ. | 376,3 km² |
| 20 | Δήμος Βιάννου | Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου | 5.504 κάτ. | — |
| 21 | Δήμος Οροπεδίου Λασιθίου | Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου | 3.231 κάτ. | 130,0 km² |
| 22 | Δήμος Σφακίων | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 3.052 κάτ. | 467,6 km² |
| 23 | Δήμος Ανωγείων | Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου | 2.964 κάτ. | — |
| 24 | Δήμος Γαύδου | Περιφερειακή Ενότητα Χανίων | 208 κάτ. | — |